Geneza powstania pustyni -  „Pustynia Błędowska”  powstawała etapowo :

I etap „naturalny początek” - w epoce lodowcowej, 2,3 mln lat temu podczas kolejnych zlodowaceń głębokie doliny wypełniane były piaskiem i żwirem. Wówczas pojawiła się rozległa powierzchnia o krajobrazie pustyni, wystawiona na działanie wiatrów.

II etap „spoczynek” – w holocenie 10tys. lat temu klimat uległ ociepleniu, tereny ówczesnej pustyni zostały stopniowo opanowane przez roślinność leśną.

III etap „pustynne oblicze”- w XIIIw.  działalność gospodarcza człowieka związana była z eksploatacją rud ołowiu i srebra, wybudowano też do ich przeróbki  piece hutnicze, które opalane były węglem drzewnym.  Prowadzona na dużą skalę wycinka  pozbawiła ówczesne tereny prawie całkowicie lasów. Ubytek zadrzewienia powodował niszczenie cienkich warstw ubogiej gleby oraz uruchomienie piasków związanych przez roślinność  i w końcu powstanie pustyni.

Człowiek przyczynił się do ukształtowania właściwego oblicza pustyni. Wiatr zaczął intensywnie przenosić sypki piasek, budować ruchome wydmy oraz obniżenia. Narodziła się pustynia, mimo że na jej powierzchnię, tak samo jak w sąsiedztwie spadały spore opady deszczu.